更新履歴
<お知らせ>

岡田節人先生が1月17日朝にご逝去されました (2017.01.19)を更新しました。

謹賀新年(2017.01.01)を更新しました。Gene Ontologyの無料本や新しいRについても書いています。本年もどうぞよろしくお願いいたします。

線虫のコンドロイチンは硫酸化されていないといとされていましたが、硫酸化コンドロイチンも存在するという論文をJournal of Biological Chemistryに発表しました (2016.09.19)

「科学を学ぶ人のために」をブログ化しようとしています。記事の内容の概略を右に列挙して、「続きを読む」をクリックすると、対応する記事にジャンプするようにしました。このトップページにアクセスして、面白そうな記事をみつけたら、「続きを読む」をクリックしてご覧ください。記事を月に何度も投稿しますので右の欄から新しい記事ををチェックしてみてください。大隅先生のノーベル賞受賞、メンデルの業績、アサガオの話、実験ノートの重要性、ミリカンの不正は濡れ衣かもという話、タイムスタンプの重要性など大事な記事を投稿しましたのでご覧ください。
(2016.10.04)

次世代シークエンサーの威力と題する記事を「科学を学ぶ人のために」に載せました。
DNase-seqやATAC-Seqの手法がWaddingtonの
epigenetic landscapeの概念に光をあてています。(2016.07,07
)
今月から「科学を学ぶ人のために」をブログ化しようとしています。頻繁に更新していますのでご参照ください。実験ノートの書き方や、タイムスタンプについての記事を追加しています。(2016.07.13)

線虫糖鎖遺伝子データベースCGGDBの新バージョンを公開しました。ヒトの糖鎖遺伝子の線虫オーソログを集めたデータベースです。下の記事に主な変更点をまとめましたが、さらにDiseaseの項目には、ヒトの糖鎖の病気のリストがあげてあり、病名をクリックすると線虫の遺伝子の情報が一目でわかります。さらに糖鎖遺伝子が発現している細胞については、どんな細胞かがわかるように、細胞名をクリックするとWormAtlasにつながるようにリンクをはりました。卒論の成果です。
改良点などお気づきの点があれば、ご連絡いただけると幸いです(2016.06.20)。

卒業研究で、線虫糖鎖遺伝子データベースCGGDBの改良を行ってもらっています。ヒトの病気と戦っている医療関係者の人により簡単に利用していただけるような改良です。表現型の日本語訳を含む日本語版の作成、ヒトの病気との関わりをより簡単にみられるようにするためのOMIMデータベースとの連携、ヒトのオーソログ遺伝子のGenome Wide Association Catalogの結果の表示など、医学研究により役立つような改良を行っていますのでご期待ください。完成したらまたお知らせします(2016.02.04)。
「科学を学ぶ人のために」リンク集を更新しました。英語で論文を書くときにお勧めの辞書や英語で発信するために参考になる本などの紹介です(2016.01.25)。
リンク集などの更新を行いました(2016.01.20)リンク切れの修正の他、次世代シークエンサーNGSのデータ解析のチュートリアルやR, Python、Perlなどのプログラミング言語のチュートリアルサイトなど新しいリンクも入れましたのでご利用ください。
九州大学理学部・理学研究院の伊都キャンパスへの移転にともない私達の研究室も伊都キャンパスの新築の建物に移転しました
(2015.10.23)

特別講義開講のお知らせ:

東京女子医科大学の三谷昌平先生をお迎えしての特別講義が7月6日(月),7日(火)の2日間箱崎で開講されます。「線虫のゲノム機能解析と医学・生命科学への展開」というタイトルで,線虫C. elegansを全く使ったことのない学生にも、本格的に研究している研究者にも役立つ講義をしていただきます。学部3年生から大学院生に最適の講義(4年生からしか単位にはなりませんが3年生以下の学生も時間がとれれば聴いてみて下さい)ですので、是非聴講におこしください。
線虫の飼育と保存,形態や細胞系譜,遺伝様式にはじまりトランスジェニック解析・RNAi・遺伝子破壊から線虫の表現型など線虫を医学・生命科学にこれから使ってみようかなと思っている医師医学研究者・学生に大いに役立つ講義です。(2015.06.12)

大学図書館を活用しよう―その2を科学を学ぶ人のために追加しました。前回は英語の本を紹介しましたが、今回は日本語の本を中心に紹介します。TOEIC対策本や就職活動に役立つ本、数学や生命科学の本からピケティの21世紀の資本など文科系の本まで、多くの本が大学図書館経由でオンラインで読めます。すこしづつダウンロードすることもできますので九大関係の方は是非試して下さい。(2015.06.12)

「2015年、あけましておめでとうございます!大学図書館を活用しよう―その1です(2015.01.13)」を科学を学ぶ人のためにに追加しました。私達も分担執筆したGlycosicence Biology and Medicine (Springer)という糖鎖生物学の最新の本が、2014年末に出版されました(電子版もあります。)

博士課程の秋好紗弥香さんたちの論文が雑誌Glycobiologyのオンライン版に掲載されました!おめでとうございます。
線虫に存在するヒト糖鎖遺伝子のオーソログ遺伝子を全部同定し、ほとんどの機能をRNAiで阻害して研究した論文です。ヒトの先天性グリコシル化異常症CDG タイプ1の研究のために線虫が大いに役立つ可能性を始めて指摘した論文にもなっています。またヒト糖鎖遺伝子の機能を線虫で研究したい方のために利用しやすい新しいデータベースを完成させて線虫糖鎖遺伝子データベースCGGDB (C. elegans Glycogene Database)として公開しました。
詳しくは「科学を学ぶ人のために」を参照して下さい。

九州大学医学研究院細菌学分野の大学院生 瀬川孝耶君の論文がBMC Microbiologyに掲載されました。おめでとうございます!私たちにとっては初の細菌学に関する論文です。レプトスピラという細菌が感染しておこるレプトスピラ症は重症化すると野口英世が黄熱病と見誤ったWeil氏病となりますが、感染した動物の尿に初期診断マーカーを探すのが診断・治療に必須とされています。ハムスターをモデル動物として使ってこのマーカーを捜し求める研究の成果の発表です。 (2014.05.29)
Windows XPのサポート打ち切りに伴って研究室のPCをWindows 7で動くようにしました。OSの切り替えのやり方を「科学を学ぶ人のために」に書きました。リンク集もすこし訂正し、さらに九大から無料で読める電子ブック(ダウンロードも可)についてのリンクを追加しました。(2014.05.27)
「アセチルCoAトランスポーターの総説を書きました。」
「科学を学ぶ人のために」に付け加えました。生化学の勉強になる歌の本The Biochemists' Songbookとダウンロードできる歌のファイルについても書いてありますので聞いてみて下さい。(2013.3.26)

「科学を学ぶ人のために」に、遺伝子ネットワーク解析ソフト VISANTの使い方の解説(入門編)をアップロードしました。
(2013.03.08)

あけましておめでとうございます。「科学を学ぶ人のために」に糖鎖生物学の動画などを付け加え、リンク集のリンク切れを訂正しました。(2013.01.18)

山中先生、Gurdon先生 ノーベル賞受賞おめでとうございます!
現代の発生生物学に対する授与でもある今回のノーベル賞について、
科学を学ぶ人のために」に書きました。(2012.10.09)

大阪大学の金井好克先生のグループとの共同研究の成果として、アミノ酸トランスポーターAAT-6と相互作用して、その膜への局在と加齢にともなう膜局在性を線虫で制御する遺伝子NRFL-1についての論文が雑誌PLoS ONEに掲載されました。金井研に移った村田大輔君の金井研からの最初の共著論文となりました。おめでとうございます!(2012.08.16)
研究概要をより詳しくしました
(2012.06.09)
科学を学ぶ人のためにを更新しました。リーダーシップをもった先生の見本としてJames Ebert先生をとりあげました

科学を学ぶ人のためにを更新しました。全面リニューアルされた線虫C. elegansのデータベースWormbase使い方の簡単なてびきをアップロードしましたので使って下さい。また新入生におすすめしたいTOEIC対策他の英語の勉強サイト、使ってみたいコンピュータソフトや学ぶとよいプログラム言語などにもふれていますので是非ご覧下さい。(2012.04.18)

水谷糖質科学振興財団の国際的研究助成金をいただくことになりました。「科学を学ぶ人のために」を更新しました。冠詞の使い方の解説サイトも紹介しています。(2012.03.03)

博士課程の村田大輔君たちの論文がMolecular Biology of the Cellのオンライン版に掲載されました!おめでとうございます!
GPIアンカー蛋白質という、脂質を介して細胞膜に蛋白質をつなぎとめておく分子を合成することが生命の連鎖をつかさどる生殖細胞形成に不可欠であるという世界初の発見です。同時に線虫でGPIアンカー型蛋白質のしっかりした解明を行った初の論文です。是非ダウンロードしてご覧下さい。(2012.02.02)

あけましておめでとうございます。ポスター発表の例を観られるサイトの紹介です(2012.01.02)

リンク集Weblioへのリンクとin utero electroporation法のビデオへのリンクを加えました。また科学を学ぶ人のためにの項目として、論文の図の説明の書き方を付け加えました(2011.12.28)

皆さん良いお年をお迎え下さい!

科学の方法と題して統計学の勉強法について書きました。科学を学ぶ人のためにの更新です。
ポスドクの野村和子さんを中心に行われた線虫のグルコシルセラミド合成酵素の機能解析の論文がGlycobiologyの6月号に掲載されました!(2011.2.16 online版に掲載)また科学を学ぶ人のためにを更新しました。

初期発生や卵形成にスフィンゴ糖脂質の素材であるグルコシルセラミドの合成が必須であり、不足すると産仔数の減少、細胞分裂の異常などが起こることを明らかにした面白い論文です。要約と論文本体のpdfファイルはこちら(要約)こちら(pdf)からダウンロード可能です。コンドロイチン合成酵素の阻害の時と同じで細胞分裂が逆行する様子をとらえたムービーもありますがこちらは購読者のみダウンロードできるようです。大学などでダウンロードして是非ご覧下さい。
あけましておめでとうございます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。リンク集科学を学ぶ人のためにを更新しました(2011年1月10日)
リンク集を更新しました。英国発の
新しいPubMedであるUK PubMed
UK PubMed Centralを使ってみて下さい!(11月29日)

Wormbaseに関する話を「科学を学ぶ人のために」に付け加えました。(8月26日)

新しい本、
「糖鎖を知る―その素顔と病気への挑戦」(科学技術振興機構)がでています。
CRESTプロジェクト「糖鎖の生物機能の解明と利用技術」のメンバーが糖鎖についてやさしく紹介したもので私も分担執筆しました。

特に、糖鎖と医学との関わりについて詳しく書いてありますので医学に興味を持つ人や、健康と糖鎖の関わりに興味を持つ方への絶好の糖鎖生物学入門書であると思います。
九州大学図書館の伊都、医学部、中央の3館に1冊ずつ寄贈してありますので是非ご覧下さい。
出嶋克史君を中心として行われた線虫のPAPSトランスポーター解析の論文がJournal of Biological Chemistry に掲載されました! (2010.08. 6) 出嶋克史君は修士課程から一貫して線虫の硫酸化の解析をつづけ、線虫の硫酸化関連の遺伝子研究の基盤であるすべての遺伝子のノックアウト解析を完成させました。おめでとうございます!
九州大学生物学科公開講座のお知らせを
「科学を学ぶ人のために」に掲載しました。多数のご参加をお待ちしています!(8月3日)
出嶋克史君を中心として行われた線虫のPAPSトランスポーター解析の論文がJournal of Biological Chemistry オンライン版に掲載されました! (2010.6. 9) 出嶋克史君は修士課程から一貫して線虫の硫酸化の解析をつづけ、線虫の硫酸化関連の遺伝子研究の基盤であるすべての遺伝子のノックアウト解析を完成させました。おめでとうございます!
ドイツのハイデルベルグで開催された学会に参加してきました(2010.6.16-21)。科学を学ぶ人のためにをご参照ください。
新学期がはじまります!私の研究室にも新四年生が配属されてきました。桜が満開です!
「科学を学ぶ人のために」に外国の大学の講義がきけるサイトを紹介していますのでご覧下さい。
神戸薬科大学生化学教室の北川裕之教授による糖鎖生物学の入門講義
「糖鎖生物学―基礎から病気への関わり」とセミナーが好評のうちに終了しました。糖鎖がいかに重要か、重大な病気とかかわっているかがよく分かったことと思います。聴講することで新しい研究展開のヒントも得られたのではないでしょうか。北川先生、どうもありがとうございました。
iPS細胞の山中伸弥 先生のNIHでの講演会のビデオと糖鎖生物学について紹介していますのでご覧下さい。
あけましておめでとうございます。
硫酸化に関する私達の新しい総説がTrends in Glycosci. Glycotechnology誌に掲載されましたのでご覧下さい。
「科学を学ぶ人のために」で
生命科学系文献データベースPubMedの使い方の解説を始めました(11月11日)
J. Biol. Chem.の論文の印刷版がでたので記述を更新しました。
( 11月10日)
「科学を学ぶ人のために」を更新しました(10月17日)糖鎖化学のすぐれた教科書の紹介と著者の阿武 喜美子先生のことにふれています。
「科学を学ぶ人のために」を更新しました(10月10日)。実験ノートについて(3)で、Paulingの実験ノートの紹介です。科学を学ぶ人のためのポータルサイトの紹介もあります。またリンク集にもポータルサイトを加えました。

私達のホームページを改変しました(8月22日ー9月23日)
「科学を学ぶ人のために」の内容とリンクを精査して改変しました。

私達のCRESTチームの新しい論文がJ. Biol. Chem. online版に
掲載されました(7月27日)
「科学を学ぶ人のために」
写真を更新しました(8月17日)
8月15日と16日の両日、
理学部生物学科公開講座が
開催されました。
無料の英語辞書とweb page保存用
アドオンの紹介です。
英語で話すコツ(2)です。
英語で話すコツ(1)です。
糖鎖生物学って何だろう(1)
インフルエンザウイルスの話です
「実験ノートについて (2)」を加えましたFaradayの実験ノート
「実験ノートについて」を加えましたBrennerの実験ノート
「虫の写真 C.elegansではなくて
昆虫です!」
「新学期です!」
トップジャーナルに投稿しよう!
ニュース
ポスドクの野村和子さんを中心に行われた線虫のグルコシルセラミド合成酵素の機能解析の論文がGlycobiologyのonline版に掲載されました!(2011.2.16)
出嶋克史君を中心として行われた線虫のPAPSトランスポーター解析の論文がJournal of Biological Chemistry に掲載されました! (2010.08. 6) 出嶋克史君は修士課程から一貫して線虫の硫酸化の解析をつづけ、線虫の硫酸化関連の遺伝子研究の基盤であるすべての遺伝子のノックアウト解析を完成させました。おめでとうございます!
硫酸化に関する私達の新しい総説がTrends in Glycosci. Glycotechnology誌に掲載されましたのでご覧下さい。
東京工業大学の井手尾さんの線虫galectinの論文がJ. Biol. Chem.のonline版に掲載されました!

J. Biol. Chem., Jul 2009; doi:10.1074/jbc.M109.038257

ポスドクの出嶋克史君らの論文が FASEB Journalの7月号に
掲載されました!

FASEB J. 2009 23: 2215-2225.
Published in Advance March 6, 2009,
as doi:10.1096/fj.08-123737

お勧めリンク
  線虫シーエレガンスは世界でもっとも理解されている多細胞生物で
最高のモデル生物です。
2002年からの6年間で6人のシーエレガンスの研究者がノーベル賞をもらっていることからも、この生物の有効性がうかがわれます。とても簡単に飼育できて安全無害な生物で、研究もしやすい線虫についてはたとえば以下を参考にして下さい。
遺伝学電子博物館


線虫にノーベル賞? 
細胞死の研究で3人の線虫研究者がもらったときできたムービーです。今は、RNAiで二人、GFPでもう一人の合計6人がもらっています!

糖鎖生物学のすすめ

科学を学ぶ人のために役立つホームページとしたいと心がけています。科学を学び始めた人や研究者の方々に喜んでいただけるような内容にしたいと思います。ブログ風の記事「科学を学ぶ人のために」やリンク集、糖鎖生物学の解説などお役に立てると思います。適宜、更新し主な更新点をこのページに載せておきます。

  上の写真は英国ケンブリッジ市にあるMRC LMB (Laboratory of Molecular Biology 分子生物学研究所)に展示されていたワトソン・クリックが組み立てたDNAの構造模型の複製です。この模型のDNAの中には糖がつらなっているのがわかりますか?リン酸を介してつながっているのはデオキシリボースです。

  糖はエネルギーのみなもとであり、グルコースやそれが鎖になってつらなっている糖鎖の一種であるデンプンなどは有名ですが、単なる食糧ではありません。エネルギー源であるので、生命は糖を中心に回転しているシステムであるということができます。水にとけている酵素を中心に研究が進んだので、糖からエネルギーが生み出される解糖系の研究がまず進みました。しかし膜に存在しているタンパク質の研究がすすんでいる21世紀にはつぎつぎと新しい糖を中心とする生命システムが明らかになっていくでしょう。糖が何個もつらなった鎖=糖鎖はDNAやRNA、蛋白質につぐ第3の生命の鎖として注目を集めています。私達はこの糖鎖の機能を中心に生命の基本的システムを解明しようという研究を行っています。

  病原菌の糖鎖を介した感染、O157毒素の糖鎖を介した作用機構、癌で変化する糖鎖など医療に直結した研究をはじめ、糖鎖による細胞分裂や細胞分化の制御工学の確立が私達の目標です。

  研究には主としてシー・エレガンス(線虫の仲間で、C. elegansという学名をもっています)という小さな生物を使っています。


2017.01.19 岡田節人先生が1月17日朝にご逝去されました。
先生には3年ちょっと前、ハリソン賞のメダルの交付セレモニーで岡田研究室メンバーが集まったときお目にかかったのが最後となりました。元旦のブログに書いた氷川丸でWaddingtonのもとに留学された先生は、先取の気風のある彼から多くを学ばれたとのだと思います。Waddigtonは発生学研究にラジオアイソトープをとりいれたり、影響力の大きい発生の教科書を書いてepigenetic landscapeの概念を提唱したりという、いち早く最新のテクノロジーやアイデアをとりこむタイプの研究者だったと思います。後には力学系の理論にも興味をもち、R. Thomのカタストロフィーの理論を応援したりもしています。 続きを読む。

2017.01.01 元旦 謹賀新年

本年もどうぞよろしくお願いいたします。

暖かなお正月で、福岡は本日快晴で3月下旬なみの気温となるようです。
上の 写真は氷川丸。本年の元旦はこの有名な船の写真にしました。
(中略)
お休みに読める無料本がありますので紹介しておきます。The Gene Ontology Handbookです。
(中略)
Microsoft R Openというもので、RStudio も使えるそうです。一度お試しください。

では本年もどうぞよろしくお願いいたします。皆様にとって今年が素晴らしい一年でありますように。
全部を読む

2016.11.17 (木)
伊都へ移転してから一年がすぎました(2016.11.17 木曜日)

11月13日の日曜日は福岡市民マラソンで、折り返し点の九大伊都キャンパスが地デジ中継で映っていました。

私達の研究室が馬出のコラボステーションUからこの伊都キャンパスへ移転して10月1日で一年になりました。院生や四年生の皆さんの頑張りのおかげで無事移転を完了できて
本当に感謝しています。
移転の中で行われた卒論も見事に完成させ、線虫糖鎖遺伝子データベースCGGDBの大改良や、今まで硫酸化されていないとされていた線虫のコンドロイチンに
硫酸化されているものがある(ヘパラン硫酸くらいの量がある)という私達のCRESTでの成果の完成と論文発表も終えることができました。 今年の9月19日、Journal of Biological Chemsitryにonline版が掲載され最近印刷版も発表しました。 投稿して2週間かからずに採択されましたので、プレスリリースを薦められたのですが記者会見は見送りました。
ラボの移転一周年を記念して福岡市海づり公園(写真)に皆ででかけました。 続きを読む。

2016.10.04(火) 大隅先生のノーベル賞受賞おめでとうございます(2016.10.04 火曜日)

昨日はノーベル賞の発表第一日めでした。私も18時30分からのノーベル賞カウントダウン実況ページをみておりました。
時間になってキャッシュをクリアしても受賞者が表示されず、だれが受賞したのかわからなかったのですが、
ページ内のtwitterに大隅良典先生の名前がまずでてきたので、興奮しました。
大隅先生は福岡市出身で地元の福岡高校(福高)の卒業生だとのことで、受賞発表にあ わせて毎年集っておられた大隅先生の福高時代の同級生の方たちが
発表と同時に大喜びされる様子がニュースで報じられていました。
今朝、福高では… 続きを読む。

2016.08.20(土)夏真っ盛りです。Pompe病の治療薬開発のドラマ 「小さな命が叫ぶとき」の紹介など
オープンキャンパスで研究室を訪問してくれた高校生のみなさんに糖鎖生物学の紹介をしました。糖鎖生物学の研究は、筋ジストロフィーや糖尿病、インフルエンザの予防と治療や癌など、様々な病気の治療や予防に関する研究の基礎になっています。高校生のみなさんに紹介した ハリソン・フォードが出演している映画 「小さな命が叫ぶとき」は、糖鎖分解の異常による病気の治療薬の開発での実話に基づいた話でハッピーエンドの映画ですので、夏休みにみるのをお勧めします。続きを読む。

2016.07.30(土) アサガオが咲きました―
メンデルの雑種植物の研究について
遺伝学の優れたモデルシステムであるアサガオの紹介と、生物物理学のさきがけともいえるメンデルの雑種植物の研究の紹介です。高校生でも理解できる多項式とその係数の関係で、遺伝の仕組みを解き明かすという論文です。元の論文や、その英語版は無料でダウンロードすることができます。続きを読む。

2016.07.13(水) 実験ノートの書き方―タイムスタンプの重要性―

再び実験ノートについてです。 あまり知られていいないのですが、実験ノートにタイムスタンプ(タイムスタンプサービスを提供している会社の一例です)を押しておくのが必須になりつつあります。続きを読む。

2016.07.11(月) 実験ノートの重要性1
ミリカンの油滴実験には不正があったのか。実験ノートによる検証によると、本「背信の科学者たち」(ブルーバックス)にあるような不正行為はなかったとのこと。続きを読む。

2016.07.07
 (木)  次世代シークエンサーの威力 ―DNase-Seq(ディーエヌエース シークと読みます)とATAC-seq (seqをセックと読む人もいますが英語ではシークと読むのが多いです)
英国の著名な発生学者だったWaddingtonのエピジェネティック ランドスケープの実体をDNase-Seqで解明した仕事がでています。次世代シークエンサーを使えば、ある細胞で機能しているDNA部位をほとんどすべて検出することができるので、発生にともなう遺伝子発現と制御の実体を目で見るように解明することができます。続きを読む。

野村 一也

〒819-0395

福岡市西区元岡744 九州大学ウエスト1号館10階

C棟1002号室(W1-C-1002)D棟・C棟の境の部屋です。