遺伝子ネットワーク解析ソフト VISANTの使い方です!(2013.03.08)

遺伝子ネットワーク解析ソフト VISANTの使い方です!(2013.03.08)

VISANT超入門:

VISANT (Integrative Visual Analysis Tool for Biological Networks) というサイトは遺伝子の遺伝的相互作用、タンパク質‐タンパク質相互作用を、免疫沈降、yeast two hybrid等によって相互関係やその可能性を画面で表示して解析するプログラムのサイトである。ヒトやマウス、ショウジョウバエや線虫、酵母やバクテリアなど、様々な生物の持っている遺伝子の間の相互作用を、遺伝学的相互作用やタンパク質間相互作用などのビッグデータに基づいてネットワーク表示して解析できる。自分の研究している遺伝子のリストを検索用ボックスに入れて、それらの相互作用、その他の遺伝子との相互作用を調べるのに便利で、各自の遺伝子について試してみると思いがけない相互作用が見つかるかもしれない。このVISANTは、遺伝子-遺伝子相互作用の解析に有用であるにもかかわらず、日本語の使用の手引が現在も存在せず、なんとなく使いづらいものであった。そこで、私達の研究室で卒業研究を行った学生さんが卒業論文の一部として、VISANTの使い方を日本語でまとめてくれた。その卒論では糖鎖遺伝子のネットワークを解析する際,VISANTを活用した。その卒論から遺伝子ネットワーク解析サイトVISANTの使い方の解説部分を抽出し、野村が最近のサイトの些細な改変について加筆したものをpdfファイルでおいておくのでダウンロードして利用していただきたい。下に線虫での糖鎖を合成する酵素の一つのグループであるN-アセチルガラクトサミン転移酵素GalNAcT(N-acetylgalactosamineを付加していく酵素で多数の遺伝子がある)の遺伝子についてのVISANTによる解析結果の画像(全体図) を挙げてみた。この解説でVISANTの使い方がだいたいわかったら、次に英語のチュートリアル(http://visant.bu.edu/tutorials/tutorials_list.html )やヘルプを読んで、このプログラムサイトを大いに活用していただきたい。






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下の写真は私達の長年利用していた九州大学コラボステーションIIです。手前にうつっているのは千利休 釜掛けの松の記念碑です。 ここは野点(のだて)発祥の地とされています。