生命科学の文献検索のやりかた:PubMedを使ってみよう(1) ( 2009/11/11)

生命科学の文献検索のやりかた:PubMedを使ってみよう(1) ( 2009/11/11)

今回は、PubMedの検索の仕方を紹介します。PubMedは生物学・医学の文献の検索に大いに役立つ信頼できるすぐれたサービスで米国の国立研究所NCBI(National Center for Biotechnology Information)によって無料で公開されています。検索キーワードの入れ方は簡単で、Googleでのように検索キーワードを入れればよいのです(検索窓に複数のキーワードを入れるとAND検索となります)。これを使うのは初めてという方は以下の図のように検索窓に好きなキーワード(この例ではchondroitin とelegansをいれています)を何個かいれて検索するとよいでしょう。ご自分の好きなキーワードをいれて検索してみて下さい。ANDとORを括弧( )と組み合わせて検索すればかなりこまやかな検索が可能です。



今回はもうすこしプロ風の検索式の入れ方、作り方を紹介したいと思います。
自分の興味のある文献を定期的に検索してその結果を確認したり、自分の興味ある文献についての情報をまとめてファイルにしてダウンロードしたりするのがPubMedを使えば簡単にできます。論文がでた日付で絞り込んだ検索をしたり、著者名で検索したりする時には以下のようにタグを使うと簡単です。例をみていただければ簡単に応用できるようになると思います。
タグを使った検索式で定期的にPubMedをチェックしたりする方法については次回以降に解説します。

例1:

2003年3月から2003年5月までの期間にPubMedに登録されたelegansとchondroitinについての文献を探したいとき。(登録日を使った絞り込み検索)
検索ボックスに、elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[edat]といれます。[edat]がタグです。2つ論文がヒットすると思います。
2003[edat]なら2003年のものだけ、2003/05[edat]なら2003年5月のものだけがヒットします。は範囲を表すのに使っています。[edat]タグの代わりに出版年月日のタグである[dp]または[pdat]を使えば出版された年月日で検索の範囲を絞れます。

elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[pdat]とすると3つ論文がヒットします。

例2:

2009年に出版されたDejimaによる論文を探してみましょう。この場合は著者のデータベースのレコードフィールドを検索する[au]タグを併せて使います。
検索ボックスにDejima[au] 2009[dp]といれて検索します。6つヒットして、出嶋克史君の論文が2つみつかりました。[au]はauthorの略で著者です。

例3:

" "に囲んで検索語をいれるとAll Fields(論文のレコードの、タイトルや著者、アブストラクト、出版年月日などほとんど全てのデータベースのフィールド)の検索となります。引用符で囲む代わりに検索語の後に[all]と入れて検索しても同じです。
 "elegans" AND "chondroitin"
でやってみましょう。

検索語にはもちろんglyco*のようにアスタリスクのワイルドカードも使えます。しかしワイルドカードを使うとglycosyltransferaseとかglycomeとかいろいろ変化させて最初の600種類までの変化しか検索してくれないので注意して下さい。600でカットしたときには警告がでますので、もうすこしアスタリスクの前の文字を増やすなどしてください。

以上の例で示したように、検索語のあとにつける[ ]の中に、allだとかedatとかauとか、いろいろタグを入れると検索範囲を絞って検索できるわけです。使えるタグの一覧は
ここをクリックして、ページのずいぶん下のほうにあるSearch Field Descriptions and Tagsの部分をご覧ください。
検索で使えるものと、使えないものも含めた全タグの一覧はこちらをご覧下さい。

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